Keberadaan Universitas Cenderawasih memiliki perjalanan Panjang mulai sejak tanggal 10 November 1962 berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor: 389 Tahun 1962 jo keputusan bersama WANPA/ Koordinator Urusan Irian Barat dan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No 140/PTIP/1962 tanggal 10 November 1962.
Pada saat berdiri, Uncen memiliki 3 Fakultas dan 1 lembaga yakni : Fakultas Hukum Ketatanegaraan dan Ketataniagaan (FHKK), Fakultas Keguruan dan Fakultas Ilmu Pendidikan dan lembaga Antropologi yang berlokasi di kota Baru atau Jayapura (sekarang).
Pada tanggal 5 Oktober 1964 dibuka Fakultas Pertanian, Peternakan dan Kehutanan (FPPK), Manokwari. Pada tahun 1965 FHKK membuka jurusan Ilmu Ketataniagaan di Sorong dan tahun 1967 membuka Jurusan Ilmu Ketatanegaraan di Biak. dan Jurusan Hukum di Jayapura.
Tahun 1970, kedua jurusan (Ilmu Ketataniagaan dan Jurusan Ilmu Ketatanegaraan) dipindahkan kembali ke Jayapura menjadi FHKK Uncen di Jayapura. Dalam perjalanannya pada tahun 1978 FHKK berubah menjadi FIHES (Fakultas Ilmu Hukum, Ekonomi dan Sosial).
Selanjutnya Pada tahun 1983, Hukum terpisah berdiri sendiri menjadi FH dan FISIP berdiri sendiri di mana ekonomi sebagai rumpun ilmu-ilmu sosial bergabung.sebagai salah satu jurusan di FISIP. Pada saat itu hanya jurusan Ekonomi dan setalh itu dibuka jurusan Manajemen dan Pembangunan. Sejak tahun 1985, jurusan ilmu Manajemen dan Ekonomi Pembangunan masing-masing berdiri sendiri. Pada saat awal Dosen tetap hanya terdiri dari 3 orang Dosen
Daftar Dosen di Awal Berdiri
| No | Nama Dosen |
| 1 | Mapas Sitepu |
| 2 | Soekrisno Dardjatmoko |
| 3 | Theodora Tambunan Hutapea |
| 4 | Thobby Wakarmamu |
| 5 | Agustinus Salle |
Dalam perjalanannya, sejak 1985-1992 jurusan Ekonomi pembangunan dan manajemen berada di bawah FISIP. Namun sejak tanggal 4 November tahun 1993 berdiri serdiri sebagai Fakultas Ekonomi berdasarkan pada SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No: 0367/O/1993, tanggal 21 Oktober 1993 yang diresmikan oleh Menteri Pendidikan pada 4 November 1993. Fakultas Ekonomi dan Bisnis ini berdiri kokoh sampai saat ini atas perjuangan beberapa tokoh sebagai berikut:
Tokoh Pendiri Fakultas Ekonomi
| No | Nama Dosen | Keterangan |
| 1 | Dr. Thobby Wakarmamu, M.Si | Aktif |
| 2 | Dr. Johz Ronsumbre, M.Si | Aktif |
| 3 | Prof. B. Kambuaya, MBA | Aktif |
| 4 | Dr. Agustinus Salle, M.Ec. | Aktif |
| 5 | Prof. Dr. Karel Sesa, M.Si | Almarhum |
Pada saat ke-5 tokoh pejuang ini menghadap Ketua Konsorsium Ilmu Ekonomi yang saat itu di ketuai oleh: Dr. Hendra Esmara, untuk meminta agar didirikan Fakutas Ekonomi di Uncen, namun ketua konsorsium menanyakan kepada 5 orang pejuang ini: “kira-kira berapa Profesor dan Doktor yang Uncen miliki sebagai sayarat berdirinya sebuah Fakultas?”
Pada saat itu, dihadapan ketua Kosorsium hadir juga Rektor UNHAS saat itu : Prof. Dr. Basri Hasannudin dan beliau menyatakan bahwa semua permasalahan yang dihadapi oleh Uncen adalah merupakan permasalahan UNHAS. Ini pernyataan yang sangat penting bagi berdirinya Fakultas Ekonomi UNCEN. Terima kasih kami sampaikan kepada: Prof. Emiritus Dr. Basri Hasannudin.
Sejak berdiri sampai tahun 2013 menggunakan nama Fakultas Ekonomi (FE), dan sejak tahun 2014 berubah nama menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB). Perubahan Nama ini berdasarkan hasil Rapat Asosiasi Fakultas Ekonomi se-Indonesia (AFEI) pada tanggal 22 Oktober 2009 di Kampus Universitas Pajajaran Bandung disepakati untuk merubah namanya menjadi Asosiasi Fakultas Ekonomi dan Bisnis disingkat AFEBI yang disetujui pada Kongres AFEI di Fakultas Ekonomi Unsyah Banda Aceh, pada tanggal 24 Oktober 2010.
Selanjutnya Perubahan nama ini diusulkan berdasarkan Surat Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Nomor : 641/E.E2/KL/2014, Perihal : Usulan Perubahan Nomenklatur Fakultas. Selanjutnya berdasarkan surat tersebut, maka Rektor Universitas Cenderawasih menerbitkan Surat Keputusan Rektor Nomor: 087/UN20/OT/2015, Tentang Perubahan Nama Fakultas Ekonomi Universitas Cenedarawasih menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Cenderawasih. Sampai saat ini FEB memiliki 3 Jurusan dengan 8 program studi sebagai berikut:
| No | Program Studi | Jenjang | Akreditasi |
| 1 | Manajemen | S1 | B |
| 2 | Ekonomi Pembangunan | S1 | B |
| 3 | Akuntansi | S1 | B |
| 4 | Magister Manajemen | S2 | B |
| 5 | Magister Ilmu Ekonomi | S2 | B |
| 6 | Magister Akuntansi | S2 | B |
| 7 | Doktor Ilmu Manajemen | S3 | B |
| 8 | Doktor Ilmu Ekonomi | S3 | C |
Sejak berdiri, Fakultas Ekonomi dan Bisnis sudah dipimpin oleh 6 orang Dekan masing-masing sebagai berikut:
Pimpinan Fakultas Ekonomi dan Bisnis
| No | Nama | Tahun |
| 1 | Prof. Ir. Frans Alexander Wospakrik, M.Sc | 1994-1996 |
| 2 | Drs. Mikhael Rumbiak, MA | 1996-2000 |
| 3 | Prof. Dr. B. Kambuaya, MBA | 2000-2004 |
| 4 | Prof. Dr. Karel Sesa, M.Si | 2004-2009 |
| 5 | Dr. Johz. Ronsumbre, M.Si | 2009-2013 2013-2017 |
| 6 | Dr. Mesak Iek, SE., M.Si | 2017-Sekarang |